Я делаю проще. Поставил себе программу (надеюсь многие о ней слышали), называется Sony Vegas. И кодирую в MP4 с её помощью, быстро и просто... тем более пока только вегас поддерживает многопроцессорные и многоядерные машины, чем сильно ускоряет просчёт
может хватит? дал ссылку и делов